Nel 1956 esordisce con la raccolta di poesie Fiere del Sud (Arturo Schwarz Editore). Nel 1964 realizza le prime cancellature su enciclopedie e libri contribuendo alla nascita e agli sviluppi della poesia visiva e dell'arte concettuale.

Nel 1965 pubblica Uomini & Donne per Sampietro Editore e l’anno successivo L’età della ginnastica per Mondadori. Nel 1966 tiene la prima mostra personale alla Galleria 1+1 di Padova. Rilascia la dichiarazione di poetica Dichiarazione 1 in occasione della mostra presso la Galleria Il Traghetto di Venezia (1966). Alla fine del decennio espone nelle principali gallerie milanesi: Galleria Apollinaire (1968), Galleria del Naviglio (1969), Galleria Schwarz (1970).

Nel 1972 è invitato alla XXXVI Biennale d’Arte di Venezia, dove è presente ancora nel 1978, 1986 e 1993. Espone con altri artisti alla mostra Contemporanea (1973), curata da Achille Bonito Oliva e allestita nel parcheggio sotterraneo di Villa Borghese a Roma. L'anno seguente esce L'avventurosa vita di Emilio Isgrò nelle testimonianze di uomini di stato, scrittori, artisti, parlamentari, attori, parenti, familiari, amici, anonimi cittadini (Il Formichiere), candidato al Premio Strega. Nel 1976 il Csac di Parma gli dedica una ricca antologica. Nel 1977 vince il primo premio alla XIV Biennale d’Arte di San Paolo del Brasile. Nello stesso anno pubblica con Feltrinelli il romanzo Marta de Rogatiis Johnson. Nel 1978 partecipa alla XXXVIII Biennale d’Arte di Venezia.

Nel 1979, alla milanese Rotonda della Besana, presenta l’installazione per 15 pianoforti Chopin, ripreso nel 2001 dalla pianista americana Ophra Yerushalmi alla Guild Hall di East Hampton negli Stati Uniti. Nel 1982, rappresenta Gibella del Martirio e San Rocco legge la lista dei miracoli e degli orrori a Gibellina.

Nel triennio 1983-1985 pubblica con Feltrinelli la trilogia siciliana L’Orestea di Gibellina. Nel 1985 per l’Anno Europeo della Musica realizza su commissione del Teatro alla Scala l’installazione multimediale La veglia di Bach, allestita nella Chiesa di San Carpoforo. 

Nel 1986 espone L’ora italiana al Museo Civico Archeologico di Bologna, in memoria delle vittime della strage alla stazione ferroviaria. È tra i partecipanti alla XLII Biennale d’Arte di Venezia. 

Nel 1987 l’Istituto Italiano di Cultura a Madrid ospita l’antologica Cancellature 1965-1987. Nel 1989 esce il romanzo Polifemo (Mondadori).

Nel 1990 elabora un nuovo testo teorico dal titolo Teoria
 della cancellatura per la personale alla Galleria Fonte d’Abisso di Milano. Partecipa ad importanti collettiva al MoMA di New York nel 1992 e nel 1994 alla Fondazione Peggy Guggenheim di Venezia. Pubblica il romanzo L'asta delle ceneri (Camunia) e torna alla poesia con la raccolta Oratorio dei ladri (Mondadori). 

Del 1998 è il gigantesco Seme d’arancia, donato alla città natale Barcellona di Sicilia come simbolo di rinascita sociale e civile per i paesi del Mediterraneo.

Nel 2001 la Città di Palermo gli dedica una ricca antologica nella chiesa gotico-catalana di Santa Maria dello Spasimo. Con Le api della Torah sviluppa il "ciclo degli insetti", già presenti nei suoi lavori dal 1974. Nel 2002 pubblica il libro di poesie Brindisi all'amico infame (Aragno), finalista al Premio Strega e vincitore del Premio San Pellegrino.  

Con il titolo La cancellatura e altre soluzioni (Skira) raccoglie nel 2007 in volume gli scritti pubblicati su quotidiani e riviste come corredo critico-teorico dell'attività creativa. L'anno successivo il Centro per l'arte contemporanea Luigi Pecci di Prato realizza l'antologica Dichiaro di essere Emilio Isgrò, seguita nel 2009 da Fratelli d’Italia al Palazzo delle Stelline di Milano. 

Successivamente, per le celebrazioni dell’Unità d’Italia, la Città di Marsala propone negli spazi del Convento del Carmine la mostra "Disobbedisco. Sbarco a Marsala e altre Sicilie", alla quale ha fatto seguito una vasta retrospettiva alla Sanat Galerisi di Istanbul su invito ufficiale della città capitale europea della cultura 2010, mentre la Boghossian Foundation di Bruxelles espone a ruota i quattordici Codici ottomani, riproposti poi dalla Fondazione Marconi di Milano.

Del 2010 è anche il progetto della Costituzione cancellata, a cura di Marco Bazzini, presso la galleria Boxart di Verona.

Nel 2011 La Costituzione cancellata viene presentata alla Galleria Nazionale d’Arte Moderna di Roma, mentre si inaugura nel maggio dello stesso anno, all’Università Bocconi di Milano, l’opera pedagogica Cancellazione del debito pubblico. 

Nel 2012 vengono riallestite a Milano, a Palazzo Reale, le opere Dichiaro di non essere Emilio Isgrò (1971) e L’avventurosa vita di Emilio Isgrò nelle testimonianze di uomini di stato, artisti, scrittori, parlamentari, attori, parenti, familiari, amici, anonimi cittadini (1972); nonché L'ora italiana (1985-1986) alle Gallerie d'Italia. Un’intera sala del Mart di Rovereto viene dedicata alla sua opera Cancello il Manifesto del Futurismo mentre poco dopo, nel giugno 2013 alla Galleria Nazionale di Arte Moderna viene allestita la sua più significativa retrospettiva, dal titolo Modello Italia. 

Nel 2013 esce Come difendersi dall’arte e dalla pioggia, pubblicato da Maretti Editore, a cura di Beatrice Benedetti.

Nel 2014, ancora per il Pecci di Prato, Isgrò è ideatore e protagonista di un progetto in tre tempi dal titolo Maledetti toscani, benedetti italiani che lo vede interpretare Curzio Malaparte sul palcoscenico del Teatro Metastasio di Prato, cancellare undici illustri toscani per una mostra al Museo di Palazzo Pretorio e realizzare un video d’artista dal titolo Le api di Lipari. Nel maggio la Galleria degli Uffizi di Firenze accoglie il suo autoritratto del 1971 Dichiaro di non essere Emilio Isgrò. 

Nel 2015 crea Il Seme dell’Altissimo, una scultura in marmo di 7 metri d’altezza, collocata all'interno dell'Expo di Milano.

Nel 2016 la sua città di adozione, Milano, gli rende omaggio con una progetto su tre sedi: una mostra antologica a Palazzo Reale, l'esposizione del ritratto di Alessandro Manzoni cancellato alle Gallerie d'Italia e 35 volumi de I Promessi sposi cancellati per venticinque lettori e dieci appestati alla Casa del Manzoni.

Emilio Isgrò debutta a Londra e Parigi con la Galleria Tornabuoni che apre due importanti esposizioni che ripercorrono la carriera artistica del Maestro. 

Lo stesso anno, tre sue importanti opere (tra cui la celebre installazione de Il Cristo cancellatore del 1968) entrano a far parte della collezione permanente del Centre George Pompidou di Parigi. 

Il 18 novembre si celebra presso La Triennale di Milano la giornata "Fondamenta per un'arte civile" scandita in tre momenti: la presentazione del nuovo libro Autocurriculum (Sellerio); l'inaugurazione della mostra "I multipli secondo Isgrò" in collaborazione con Editalia; infine la collocazione permanente nei giardini antistanti la Triennale de Il Seme dell'Altissimo, donata dall'artista alla città di Milano. 

Nel 2018 Isgrò inaugura la monumentale opera “Monumento all’Inferno”, realizzata appositamente per l’Università IULM di Milano.

In aprile espone in Belgio alla MDZ Art Gallery, in una doppia personale che lo vede protagonista insieme a Christo. 

In estate apre Lettere, mostra dialogo tra l’artista e Osvaldo Licini presso il Centro Studi Casa Museo Osvaldo Licini di Monte Vidon Corrado.

A settembre 2019 Fondazione Giorgio Cini di Venezia promuove una grande retrospettiva su Isgrò, curata dal critico Germano Celant. Per l'occasione esce la monografia Emilio Isgrò, edita da Treccani e curata sempre da Germano Celant, che ripercorre tutto il suo percorso artistico, introdotto da una lunga intervista con il curatore. 

In dicembre la città di Milano premia Isgrò con una importante attestazione di benemerenza civica: l’Ambrogino d’Oro. 

In occasione del ritorno a Brescia della Vittoria Alata, una delle più straordinarie statue in bronzo di epoca romana, dopo due anni di restauro, Emilio Isgrò ha realizzato l'Incancellabile Vittoria, un’opera site specific installata nella fermata "Stazione FS" della metropolitana di Brescia.

Nel giugno 2022 apre Isgrò cancella Brixia, un progetto espositivo a cura di Marco Bazzini che ha coinvolto la città di Brescia e i suoi siti culturali tra installazioni monumentali (fisiche e digitali), la messa in scena di un dramma autografo di Emilio Isgrò nel Teatro Romano di Brescia e una mostra di 14 lavori originali negli spazi del Museo di Santa Giulia. 

A febbraio viene donata all'Università di Padova per la celebrazione dei suoi Ottocento anni l'opera L'abiura di Galileo, un monumentale mappamondo in granito installato nel cortile dell'ateneo.

In occasione delle celebrazioni per i 75 anni della Costituzione italiana, Emilio Isgrò realizza l'opera Non uccidere, in collaborazione con l'architetto Mario Botta. Commissionato dal MAXXI di RomaI, Non uccidere è un progetto museale composto da una grande opera di Emilio Isgrò, un monumentale bassorilievo in pietra del Sinai articolato in undici elementi, e da una spettacolare architettura in cedro del Libano progettata da Mario Botta. L’artista ripropone le tavole bibliche dei Dieci comandamenti, tradotti in undici lingue, interpretati come fondamento morale della società civile, sulle cui iscrizioni è intervenuto con la cancellatura lasciando in evidenza solo il quinto comandamento: NON UCCIDERE. Il progetto ha inoltre ricevuto la Medaglia del Presidente della Repubblica.

Il 14 dicembre 2023, a conclusione di Bergamo-Brescia Capitale della Cultura e per consolidare la collaborazione di Emilio Isgrò con le istituzioni culturali bresciane, viene inaugurato Mondo d’acciaio, monumentale mappamondo in ferro installato nel Viridarium – Parco delle sculture del Museo di Santa Giulia.